Grundsätzlich betreiben sehr viele kleine Kaffeefarmen biologischen Anbau, obwohl diese nicht Bio zertifiziert sind. Denn die Bio Zertifizierung ist teuer, umfangreich und langwierig, was eine erhebliche Hürde für kleinere Produzenten darstellt. Demnach kann auch ein nicht Bio zertifizierter Kaffee aus nachhaltiger ökologischer Landwirtschaft stammen. Die unten genannten Barrieren verhindern in manchen Fällen schlichtweg eine absehbare Zertifizierung kleiner Betriebe.
Ein Beispiel dafür ist Kaffee aus Kenia oder Äthiopien. Hier erfolgt der Kaffeeanbau weitgehend in kleinbäuerlichen Strukturen. Oft wachsen die Kaffeesträucher in Waldgärten zwischen anderen Nutzpflanzen. Durch den Schatten der Bäume wachsen die Kaffeepflanzen langsamer, was die Qualität erhöht und den Geschmack des Kaffees verbessert. Gedüngt wird meist mit organischen Substanzen aus dem eigenen landwirtschaftlichen Betrieb.
Da die wenigsten Kleinbauern ihre Kaffeekirschen nach der Ernte selbst aufbereiten können, liefern sie diese an sogenannte “Washing Stations”. Im Zuge dessen schließen sich mehrere Kleinbauern zu einer Kooperative zusammen, damit ihre Kaffeebohnen für den Export aufbereitet werden. Aufgrund der Vielzahl von kleinen Kaffeefarmen, die eine Washing Station beliefern, ist eine Bio Zertifizierung aller Mitglieder oft kaum umsetzbar. Daher gibt es nur wenige Bio zertifizierte Kaffees aus Kenia oder Äthiopien, obwohl diese meist nach den Grundsätzen ökologischer Landwirtschaft angebaut wurden.