En principe, de nombreuses petites exploitations de café pratiquent l'agriculture biologique même si elles ne sont pas certifiées. La certification biologique est coûteuse, longue et complexe, ce qui représente un obstacle majeur pour les petits producteurs. Par conséquent, même du café certifié non biologique peut être issu d'une agriculture biologique durable. Dans certains cas, les obstacles mentionnés ci-dessous empêchent tout simplement les petites exploitations d'obtenir la certification dans un avenir proche.
Prenons l'exemple du café du Kenya ou d'Éthiopie. Là-bas, la culture du café est principalement pratiquée dans de petites exploitations. Les caféiers poussent souvent dans des jardins forestiers, parmi d'autres cultures. L'ombre des arbres ralentit la croissance des plants, ce qui améliore la qualité et le goût du café. La fertilisation est généralement réalisée avec des substances organiques provenant de l'exploitation elle-même.
Comme très peu de petits exploitants peuvent transformer eux-mêmes leurs cerises de café après la récolte, ils les livrent à des « stations de lavage ». Plusieurs petits exploitants se regroupent alors pour former une coopérative afin que leurs grains de café soient transformés pour l'exportation. Compte tenu du grand nombre de petites exploitations caféières approvisionnant une station de lavage, la certification biologique pour tous les membres est souvent difficile à obtenir. Par conséquent, il existe très peu de cafés certifiés biologiques au Kenya ou en Éthiopie, même si la plupart sont cultivés selon les principes de l'agriculture biologique.